1309 : Le Pape en Avignon
En lutte avec le pape Boniface VIII, afin d'assurer la primauté de l'Etat sur celle de l'Eglise, Philipe Le Bel saura circonvenir le pape par l'élection de l'archevêque de Bordeaux Bertrand de Got, futur Clément V, premier pape à s'établir en Avignon en 1309. Clément V s'oppose sans aucune efficacité réelle au procès intenté par le roi de France à l'ordre des Templiers. Il dissout l'ordre le 3 avril 1312 lors du Concile de Vienne. Jacques de Molay sera brûlé le 18 mars 1314.
Les successeurs de Clément V s'installent en Avignon, embellissant la ville et le palais épiscopal devenu le Palais des Papes.
Grégoire XI rejoint Rome en 1377 et y meurt en 1378. L'élection d'Urbain VI, le 7 avril 1378, à Rome suscite le mécontentement de Charles V. Clément VII (Robert de Genève) est alors élu le 20 septembre 1378 : il s'installe en Avignon. Ce sera le premier antipape en Avignon.
Le Grand Schisme d'Occident vient de commencer : deux papes coexistent, l'un à Rome, l'autre en Avignon. La Guerre de Cent ans est au coeur de ce conflit : l'Angleterre soutient le pape de Rome, la France, celui d'Avignon.
Le Schisme se terminera en 1417 par l'élection de Martin V.
Le palais épiscopal devint sous Benoît XII, le lieu de résidence des Papes. Les travaux d'embellissement commencèrent en 1335. Les peintres italiens, comme Matteo Giovannetti et Simone Martini, s'installent en Avignon et décorent à fresques notamment le Palais des Papes. Pétrarque, exilé, fréquente la Cour Pontifical dans ses jeunes années avant de se retirer à Fontaine-de-Vaucluse.
Le siège épiscopal est transféré dans l'ancien palais du cardinal Bérenger Frédol l'Ancien, construit en 1318-1320 (actuel Musée du Petit Palais).
Les tombeaux des papes et cardinaux conservent la trace du passage dans la ville de la Cour pontificale.
